Glavna razlika je razlika u aktivnom materijalu. Aktivni materijal sekundarne baterije je reverzibilan, dok aktivni materijal primarne baterije nije reverzibilan. Samopražnjenje primarne baterije puno je manje od samopražnjenja sekundarne baterije, ali je unutarnji otpor mnogo veći od sekundarne baterije, pa je kapacitet opterećenja manji.
Osim toga, specifični kapacitet mase i specifični kapacitet volumena primarne baterije veći su od uobičajenih punjivih baterija.
